Sự nghiệp câu lạc bộ Lee Kyu-seong

Lee ra mắt chuyên nghiệp cho Busan IPark ngày 27 tháng 6 năm 2015 trước Jeju United. Anh đánh dấu màn ra mắt với một bàn thắng sớm, mặc dù Busan lại thất bại 3-1. Lee trở thành cầu thủ ra sân thường xuyên cho đội bóng trong phần còn lại của mà giải, và Busan xuống chơi ở K League 2. Lee gia nhập đội bóng K League 1 Sangju Sangmu ngày 28 tháng 5 năm 2018 để thực hiện nghĩa vụ quân sự.